生物显微镜与金相显微镜的区别主要是在照明方式与物镜上面：
1、生物显微镜用的是透射照明，一般用来观察透时和半透明的样本，不能用来观察不透明物体，而金相显微镜主要是落射照明方式（也叫同轴照明），光源从物镜射出，主要用于观察不透明样本的表面，当然也有附带透射照明装置的较高级金相显微镜，可同时用于观察透明样本。
2、从物镜来看，生物显微镜的高倍物镜都有考虑盖玻片厚度（0.17）和载玻片、培养器皿厚度（1.2），所以其物镜是通常标有 /0.17（正置显微镜）、 /1.2（倒置显微镜），正置生物显微镜10倍以下物镜则是 /-，也就是可以不考虑，这是为了校正玻璃对于光折射的影响，而金相显微镜的物镜通常标有/0 。